La salle hypostyle est suivie du troisième pylône, très ruiné. Cette porte donne sur un champ de pierres parsemé de magnifiques monuments : obélisques, le "saint des saints" du moyen empire, et l’Akh Ménou.

Thoutmôsis Ier fait construire deux pylônes (IV et V) qui constituaient alors l’entrée principale du temple, tout ce qui précédait n’existant pas encore. La porte du quatrième pylône donne accès à un vestibule que les textes égyptiens nommaient Ouadjyt, « la verdoyante » ou « celle des colonnes papyrus ». La base des fûts, encore visible, rappellent que cette partie du complexe était couverte, malgré la présence des deux obélisques de granit rose. Le vestibule d'intronisation et de montée royale, avec les colosses de Thoutmôsis Ier dressés contre les murs latéraux, deviendra une cour sous Hatchepsout. Celle-ci fera rajouter deux obélisques supplémentaires. Son successeur, Thoutmosis III, enfermera les obélisques de la reine dans une enceinte. Il ne pouvait détruire le symbole des rayons du soleil. La position des rainures de pose sur les socles permet d'affirmer que les obélisques de l'Ouadjyt sont arrivés par le Nord et que l'obélisque Sud sera dressé avant celui du Nord.

Dans l'espace délimité par les pylônes est aménagée une salle de cinq colonnes supportant un toit en bois : c'est dans cette salle que le roi devait, lors de ses jubilés, recevoir la confirmation de son pouvoir des mains des prêtres au nom du dieu Amon. Suit le temple lui-même, dont il ne reste que des ruines.

Devant le pylône IV, qui constitue alors l'entrée du temple, Thoutmôsis Ier fait élever deux obélisques dont il n’en reste qu’un. Devant le pylône V, c’est Hatchepsout qui fait élever deux obélisques, après avoir fait abattre le toit de la salle de Thoutmosis Ier. Derrière le pylône V, précédant le « Saint des Saints », elle fait aussi élever la "chapelle rouge" en quartzite rouge qui servait de reposoir de la barque d’Amon, et qui a été reconstituée par le Centre franco - égyptien d'Etudes des Temples de Karnak, dans le musée en plein air de Karnak dans les années 1997-2000. Elle mesure 17,54 mètres de longueur, 6,17 de largeur et 5,64 de hauteur.

Précédant la chapelle rouge, deux piliers en granit sur lesquels sont gravés en relief le lotus pour l'un et le papyrus pour l'autre (les deux symboles héraldiques de la Haute et de la Basse Egypte), édifiés sous Thoutmôsis III.